とある魔術の禁書目録

学園都市への反発が高まり、世界情勢は緊迫。学園都市のとある高校では生徒達が平和な日常を過ごしていたが、その裏側で事態は着々と動いていた。

上条は土御門とともに、ローマ正教の持つ霊装"C文書"を追ってフランスへ。土御門とはぐれた上条に、天草式十字凄教の少女・五和が手を差し伸べる。

左方のテッラに苦戦を強いられる上条と五和に、土御門が合流。形勢逆転かと思われたその時、学園都市製のパワードスーツが現れ、街中で戦闘を始める。

統括理事会・親船最中の暗殺計画を知った"グループ"。真相を探るうち、ブロック、メンバー、スクール、アイテムなどの暗部組織の名前が浮上する。

アクセラレータ達は、"ブロック"の真の標的が結標であることを突き止める。彼女の弱点となる少年院に収容された仲間達が、次に狙われようとしていた。

"スクール"が"アイテム"の隠れ家を襲撃。知らせを受けて駆けつけた浜面を、身をていして守ろうとする滝壺。一方、垣根はアクセラレータと対決するためラストオーダーに狙いを定める。

ローマ正教の刺客から上条を守るため、天草式は五和を派遣。上条と五和の共同生活が始まるのだが、2人の前に"神の右席"後方のアックアが姿を現す。

襲いくるアックアを迎え撃つべく、万全の準備を整える建宮たち。かつて"聖人"たる当主を頂き、それをよく知る彼らには、"聖人"と戦う術があった。

"聖人"同士の次元を超えた戦いを前に、自分達の無力さに打ちひしがれる天草式。だが、神裂が口にしたのは、彼らが真に望み、待ち焦がれた言葉だった。

土御門からの電話を受け、上条たちは空路イギリスへ。だが、ユーロトンネルの爆破事件に触発され、搭乗中の飛行機がテロリストの標的になってしまう。