クジラの子らは砂上に歌う

砂の海を漂泊する船"泥クジラ"で暮らす人々と、その生活を書き留める記録係の少年・チャクロ。半年ぶりの廃墟船で、彼は衰弱した少女を見つける。

問題児のオウニは、チャクロとリコスを連れて彼女がいた島へと足を踏み入れる。リコスは、感情が無い兵士"アパトイア"である自分のことを語り出す。

突如、飛来した"帝国"の兵士から襲撃を受ける泥クジラの住人たち。オウニはサイミアで反撃を試み、追い詰められたチャクロはリコスに命を救われる。

長老会から新たな首長に任命されたスオウは、泥クジラの秘密を知らされる。一方、ネリと言葉を交わしたチャクロは、彼女に奇妙な幻影を見せられる。

長老会は自警団に命じ、泥クジラの心臓部であるヌースを破壊しようと試みる。泥クジラが大きく揺れる中、オウニとシュアンは激しくぶつかり合う。

スオウの泥クジラを守る作戦には、"印"の力が欠かせない。人々は、サイミアを使って敵と戦う訓練を始めるが、スオウの決断に異を唱える者がいた。

砂嵐が吹き荒れる中、帝国軍は泥クジラへの攻撃を開始。敵艦に潜入したチームはオウニとリコスを中心に作戦を進め、泥クジラを守るために奔走する。

帝国軍に囲まれたリコスのもとへ、救援に駆け付けるオウニ。チャクロは、ヌースを目指して走り出す。シュアンとリョダリは、激しい戦いを繰り広げる。

泥クジラの守備隊は勇敢に戦うものの、このままでは多勢に無勢。オウニとニビは優れた連携を見せ、サイミアを使えずとも帝国兵を圧倒するのだが…。

戦いの犠牲となった者達を、敵味方の隔てなく弔う泥クジラの人々。平穏が戻ったかに思えたが、リコスは兄が簡単に引き下がるとは思えないと警告する。