暗殺教室

椚ヶ丘(くぬぎがおか)中学校、3年E組。担任教師として赴任してきたのは、謎の超生物。生徒たちは、政府からその怪物の暗殺を依頼されるが...。

かつて野球部だった杉野は、投手としての経験を生かして"殺せんせー"に暗殺を仕掛ける。だが、いとも簡単にかわされ、あっけなく失敗してしまう。

停学中だった赤羽業(カルマ)が3年E組に復帰。ある経緯から教師という存在そのものを憎むようになった彼は、早速殺せんせーを殺しにかかる。

外国語を受け持つ臨時講師、イリーナ・イェラビッチが学校に赴任してくる。彼女は3年E組の生徒たちの前で、プロの殺し屋であることを明かす。

内気な生徒、奥田愛美は殺せんせーを毒殺しようとするが、あえなく失敗。なぜか一緒に毒薬を研究することに。そんな中、本校舎で全校集会が行われる。

学校の中間テストが迫ってきた。浅野理事長の教育方針に賛同できない殺せんせーは、3年E組の生徒たち全員に好成績を取らせようと尽力する。

まもなく京都へ修学旅行。国が手配した狙撃のプロの手を借りて暗殺を試みることに。だが暗殺場所の下見の最中、高校生にからまれてしまい...。

生徒たちと一緒に京都を観光する殺せんせーを、指定場所から狙うスナイパー。楽勝だと思っていた暗殺ミッションだが、相手は予想以上に手ごわかった。

ノルウェーから転校生がやってくる。名は"自律思考固定砲台"。彼女は授業中でもおかまいなしに、殺せんせーに向けて立て続けに弾丸を撃ち放つ。

突然現れた師匠に、イリーナは自分に殺せんせーを暗殺する腕があることを証明しようとする。カルマと渚は、殺せんせーにハワイへ連れて行ってもらう。