Detective Conan Special Selection: Nagano Police District

小五郎らは長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主・直信から転落死した跡取り息子・義郎の話を聞く。直信の妻・達栄は、犯人は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中にいると訴える。

繁次の遺体発見現場付近で、埋蔵金探しの経過を記した手帳が見つかる。長野県警の大和は、繁次が6年前の事件を闇に葬るために3人の仲間を殺害し、最後に自ら命を絶ったと推理するが...。

留守番中のコナンに阿笠博士から連絡が。車がエンストしてレッカー移動したという。さらに財布を落としたためバスにも乗れず、頼みの小五郎も外出中。そのとき、女が運転する車が現れ...。

長野県警の大和警部らに捜査協力を頼まれた小五郎は、コナンと蘭を連れ長野にある希望の館へ。遺体が発見された部屋の外開きの扉は本を詰めたダンボールで塞がれ、中の人間は餓死していたという。

部屋の内側のドアノブとスプレー缶には、遺体の第一発見者である諸伏警部の部下の指紋だけが残っていた。部屋に閉じ込められればノブに手をかけるのが普通だが、明石の指紋はなかったという。

翠川、山吹、百瀬の証言により、直木司郎が明石に金をせびっていたことや、司郎がイタリアのレッチェに行くと話していたことが明らかに。その頃、諸伏警部は"死亡の館"の赤い部屋を訪れていた。

コナンたちはダイイングメッセージの謎を解くが証拠をつかめずにいた。そこで大和警部らは、3人の容疑者に司郎が証拠を隠した場所のヒントを与える。すると夜に犯人が司郎のアパートに現れ...。

川中島古戦場跡を見学中の小五郎、コナン、蘭のもとに、長野県警の大和警部たちが現れる。さらにそこへ、強盗犯の潜伏先に向かうという三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が合流するが...。

長野県警の竹田警部が何者かに殺害されるという事件に遭遇したコナンたち。さらに自宅で首をつった鹿野が発見される。すでに絶命していた鹿野の額には竹田と同じく、Xの印がつけられていた。

何者かにより次々と殺害された竹田、鹿野、秋山の3人。黒田捜査一課長は、現場の状況から大和を指名手配する。送られてきたメールの予告通りであれば、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。