Detective Conan Special Selection: Yusaku Kudo, Yukiko Kudo

毛利探偵事務所にコナンの母親だという女が現れた。蘭たちの手前ウソだとも言えず、コナンは女の車に乗り込むが、コナンに母親などいるわけがない。

小五郎のもとに、変死した夫の死の真相を調査してほしいという依頼が。事件は無事解決するが、蘭はコナンの様子から、その正体が新一だと確信する。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎は、豪華列車の旅を満喫していた。その道中で出会った宝石店オーナーが射殺され、コナンは事件が父・優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気付く。

父・優作の小説通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、母・有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は、銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が、浅間たち強盗団に奪われたものだった。

英理は蘭に頼まれ、小五郎の代わりに依頼人の家を訪れる。何者かに命を狙われているという藤枝家主人・幹雄を英理たちが監視カメラで見ているなか、幹雄がオーディオルームで殺されてしまう。

コナンは、1発目の発砲から2発目の銃声が聞こえるまで3分近くあったことを不審に思う。そんな中、有希子から電話で事件の経緯を聞いた優作は、"間違った道しるべ"というヒントをコナンに託す。

少年探偵団は、歩美が見つけたかわいい新築の家を見にいく。屋根裏部屋には傾斜窓があり、そこからは毛利探偵事務所が見えた。後日、その家が売れ、買い主が老夫婦だと知ったコナンは疑問を抱く。

図書室で古い革の財布を発見したコナンら少年探偵団。その財布に見覚えがあったコナンは、10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を、光彦や歩美たちに語り始める。

10年前に謎の男の挑戦を受け、第3の暗号を手に入れた新一は、郵便局に向かってほしいと阿笠博士に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

帝丹小学校の授業参観日。コナンたちが学校に着くと、転校生・団野皆介が"人喰(く)い教室の怨念"のうわさを広めていた。授業参観が迫るなか、うわさ通りに教室前の花壇が燃えているのが見つかる。