Petals of Reincarnation

無才であることに劣等感を持つ高校生・扇寺東耶はある日、転入生の灰都・ルオ・ブフェットと出会う。彼女は"輪廻(りんね)の枝"で自身の首を切ることで、前世の才能を得た"廻(まわ)り者"だった。

"偉人の杜(もり)"の司令塔であるジョン・V・ノイマンから、悪しき廻り者であるジョン・W・ゲイシーの排斥を指示された東耶は、灰都を迎えに学校へ。2人はゲイシーが潜伏する森に足を踏み入れる。

謎の黒い霧を見たI・ニュートンと舩坂弘志は偉人の杜へと戻る。メンバーたちが話し合うなか、P・ピカソは謎の黒い霧を具現化したような絵を描く。それを見たノイマンとA・アインシュタインは...。

東耶をスパイと疑う舩坂だったが、東耶の人間らしさを受け入れ応援することに。各地で偉人の杜と罪人軍の廻り者たちが戦闘を開始するなか、東耶と舩坂の前にハンス・U・ルーデルが現れる。

廻り者となった舩坂は兵士として活躍することに不満はないものの、退屈さや謎の不快感を感じていた。だがルーデルと交戦することで、互いがすり減るような本気の戦いを求めていたことに気付く。

東耶が重瞳の城に到着すると、罪人軍のリーダーである項扇羽が待ち構えていた。東耶は項扇羽に勝負を挑むものの圧倒されてしまう。そんな中、東耶は項扇羽から兄・西耶の本当の姿を聞かされる。

理性を失った灰都を元に戻すため、項扇羽はガイウス・J・カエサルとM・ノストラダムスに時間稼ぎを指示。だがノストラダムスの予言書に、書き換えることができない不可避の未来が浮かび上がる。

灰都、柳生十兵衛三吉とともに黒鋭部隊に保護された東耶は、項扇羽が残したデータの解析に協力を申し出る。それを拒絶するような北束の態度に絶望しかけるが、ノイマンのある言葉を思い出し...。

F・ナイチンゲールに支配されたニュートンと別れ、その場から脱出したアインシュタイン。黒鋭部隊の基地で目を覚ました彼女は、東耶や灰都、十兵衛らと協力してニュートンたちを助けようとする。

アインシュタインたちは廻り者すべての心臓ともいえる"輪廻の種"を見つけるため、輪廻の枝の回収に乗り出す。標的となる廻り者の選定に手間取るなか、項扇羽が残した廻り者集団が戦力に加わる。