Neon Genesis Evangelion

Di tahun 2015, sebuah Angel kembali untuk menyerang Tokyo-3. Misato Katsuragi memindahkan Shinji ke markas NERV yang dikepalai ayahnya, Gendo, yang hidup terpisah.

Setelah memiloti Eva Unit 01, Shinji terbangun di rumah sakit tanpa ingatan soal pertempuran. Karena merasa iba, Misato membiarkan Shinji tinggal bersamanya.

Beredar kabar di sekolah bahwa Shinji adalah pilot Eva. Teman sekelasnya, Toji, tak senang karenanya. Sebuah Angel muncul dan Shinji harus bertempur lagi sebagai pilot.

Tertekan setelah pertempuran terakhirnya, Shinji melarikan diri dari rumah dan bertemu Kensuke. Setelah NERV membawa Shinji kembali, Misato menawarkannya sebuah pilihan.

Pilot Unit 00, Rei Ayanami, tampak telah pulih, tetapi ia tidak memiliki teman, tidak mengingat masa lalunya, dan tidak tertarik untuk mengenal Shinji.

Saat Angel Kelima mengebor markas NERV, Misato memimpin Operasi Yashima: seluruh kekuatan di Jepang akan dialihkan untuk menghancurkan Ramiel dengan senapan positron.

Ritsuko memberi tahu Shinji tentang penyebab sebenarnya dari Second Impact. Kemudian Ritsuko dan Misato menghadiri tes lapangan untuk sebuah mecha pesaing Eva.

Shinji dan teman-temannya menemani Misato untuk bertemu Eva Unit 02 dan pilotnya, Asuka, di laut. Teman lama Misato, Ryoji Kaji, turut serta dengan rencananya sendiri.

Asuka dan Shinji menghadapi Angel lain, dan mereka kalah. Kini mereka punya enam hari untuk belajar menyelaraskan gerakan-gerakan agar dapat menghancurkan Angel itu.

NERV mengetahui keberadaan sebuah Angel dalam wujud embrio pasif di dalam gunung berapi. Dengan peralatan khusus magma, Asuka dikirim untuk mengambilnya dengan Unit 02.