武士兔的冒險年代

渴望成為武士的兔前往新江戶城，卻在這裡意外放出被關了一千年的大壞蛋。

兔和朋友們對抗影子妖怪。這傢伙不僅神似蜘蛛，還有好幾隻手臂、腿和眼珠子。接著大夥還得拯救小金大人閃避攻擊。

兔、小狐、千津和大源來到文化博物館，在這裡碰上一個住在沒人照顧的物件裡，會變形的妖怪。

大源入院接受治療。鼴鼠幫和蝙蝠中隊鬧不合，兔和小狐卻被夾在中間。

烏鴉天狗妖怪答應收兔為徒，條件是他得逮到三大都市妖怪。綿綿夫人發動計畫：她偷走氣石，藉此掌控新江戶城。

貓忍者團朝神社發動攻擊，逼得千津選邊站。大源跑去兼差，兔尋找第二個妖怪。

兔和千津在隱道館搜捕最後一隻都市妖怪後，兔改變了心意。影子妖怪進一步得知失物的下落。

深水鼴鼠偷偷溜去警告大源、敏子、千津和小狐，要大家當心影子妖怪的盤算。兔證明自己的能耐之後，烏鴉天狗妖怪答應訓練他。

兔與大夥再度聚首，並肩對抗綿綿夫人及她的忍者。影子妖怪發動凶猛攻擊，要將克拉維斯關進氣石裡。

氣石奮力關閉通道，以防堵外星生物入侵，卻少了某個重要元素相助。兔和大家有辦法及時找到這樣東西嗎？