新世紀福音戰士

2015 年，一名使徒重返第 3 新東京市發動攻擊。葛城美里將真嗣傳送至 NERV 基地，與他關係疏離的父親碇源堂是那裡的司令。

真嗣駕駛 EVA 初號機後在醫院醒來，卻完全沒有任何關於戰鬥的記憶。美里為他感到難過，並讓他搬去和自己同住。

真嗣是 EVA 初號機駕駛的消息在學校傳開，同學冬二因此對他頗為怨恨。一名使徒現身，而真嗣必須再次擔任駕駛參與戰鬥。

歷經上一次的戰爭後，真嗣筋疲力盡，他離家出走後遇到劍介。NERV 將真嗣帶回基地，美里給他一個抉擇機會。

零號機駕駛員綾波零似乎已經康復，但是她沒有朋友，沒有過往記錄，也沒有興趣認識真嗣。

當第 5 使徒對 NERV 進行鑽探攻擊，美里領軍進行屋島作戰：日本所有力量均轉而集中，力圖用陽電子步槍除掉使徒雷米爾。

律子告訴真嗣關於第二次衝擊的機密真相。然後她和美里進行替代 EVA 機器人的實地測試。

真嗣和他的朋友們陪同美里在海上會見 EVA 貳號機及其駕駛員明日香。美里老友加持良治登艦，另有自己的盤算。

明日香和真嗣面對另一名使徒，但卻落於下風。他們現在必須在六天時間學習統一步調，才能徹底摧毀使徒。

NERV 得知火山內沉睡著使徒胚胎，便派明日香駕駛專為熔岩設計的貳號機，前往取回胚胎。