新世紀涉谷戰

大介在七年前，被名叫米洛的神秘女子救了一命後，至今還在接受訓練，並等著災禍降臨，時候終於到了。

米洛並不認識大介，卻依然徵召他一同對抗攻擊學校的生化機器人。澀谷當局則力圖掌握情況。

時間來到 2388 年，流行病肆虐全球。米洛告訴大介和朋友們自己對過去的認知，隨後大夥卻碰上麻煩。

牟田宣佈生化機器人會將名單上的人類送回 2017 年，作為換取牽線木偶的條件。老大不開心的大介和一名生化機器人見面。

牟田入獄，警方主掌大局，S.D.S. 則繼續受訓。大介認為自己是領袖，黑岩卻想讓凱帶頭。

麻里麻里在生日派對的廢墟當面質問米洛，要求知道生化機器人的真相。大介的叔父逃離羈押。

大介被關進拘留牢房，黑岩等人則進一步了解修正者，以及亞維究竟知道些什麼。米洛發誓大家都能回到家鄉。

大介和小組人員著手進行拯救人質，並摧毀人工量子腦的任務，但修正者早已做好準備，等著他們到來。

大介採取行動後，殘存的修正者重新組織他們的計畫。澀谷防衛部隊陷入混亂之際，牟田的支持者展開行動。

米洛昭告大家她差不多該前往 2010 年了，但她得先在澀谷站加入戰鬥，對抗無窮。