Kuromukuro

Gymnasieeleven Yukina besøger et forskningsinstitut, da det pludselig bliver udsat for et angreb. Under sin flugt kommer hun til at røre ved en mystisk kubus.

Kennosuke Tokisada Ouma kommer ud af kubussen. Han forsøger at redde Yukina, men bliver slået bevidstløs. En ny stor geo-struktur dukker op af Toyama Bay.

Kennosuke sejrer sammen med Yukina, men fjenden slipper væk. Han fanges endnu engang, men flygter og finder Kohura.

Kennosuke opdager, hvor lang tid han har sovet, og Yukinas onkel inviterer ham til at bo hos familien. Den moderne verden bliver ved med at overraske ham.

Yukina kommer tilbage til skolen og håber, at livet endelig vender tilbage til normalen. Men hun får i stedet et chok, da hun får et glimt af den nye udvekslingsstudent.

Ken og Yukina genoptager deres kamp mod mechaen Den Gule Krabbe, og klassekammeraterne Akagi og Kayahara trodser autoriteterne og nærmer sig kampzonen.

Da Den Gule Krabbes pilot tager sit eget liv, mister Yukina viljen til at kæmpe. På skolen hører hun, at Akagi og Kayahara stadig ikke er fundet.

Fjendens krav giver anledning til spændinger, og Yukina tager hjemmefra for at undgå kamp. Kennosuke tager ud for at søge efter hende.

En enorm fjendtlig geo-struktur viser sig, men da Yukina mangler, kan centret ikke modsætte sig den. Ken, Akagi og Kayahara fortsætter søgningen.

Den tilfangetagne pilot føres tilbage til forskningscenteret og afhøres. Han siger, at han kom for at finde et bestemt objekt. Ken mener, at han kan genkende ham.