Samuraijänis: Usagin aikakirjat

Samuraiksi haluava Usagi matkustaa Neo Edon kaupunkiin, jossa hän vahingossa vapauttaa tuhat vuotta vankeudessa olleen pahiksen.

Usagi ystävineen saa vastaansa hämähäkkimäisen Kagehito-yokain, jolla on useita raajoja ja silmiä. Sitten lordi Kogane on pelastettava hyökkäykseltä.

Usagi, Kitsune, Chizu ja Gen suuntaavat kulttuurikeskukseen, jossa he kohtaavat hylätyissä esineissä pesiviä yokaita ja muodonmuuttaja-yokain.

Gen on sairaalahoidossa. Usagi ja Kitsune joutuvat keskelle Moguran ja Lepakkojengin välienselvittelyä.

Karasu-Tengu suostuu Usagin senseiksi, jos tämä saa vangittua kolme kaupunki-yokaita. Lady Fuwa käynnistää suunnitelman Neo Edon valtaamiseksi varastamalla ki-kiven.

Nekoninjat hyökkäävät temppeliin ja pakottavat Chizun valitsemaan puolensa. Genillä on työkeikka hoidettavanaan, ja Usagi etsii toista yokaita.

Usagi ja Chizu etsivät viimeistä kaupunki-yokaita Salatussa Dojossa, minkä jälkeen Usagi muuttaa mielensä. Kagehito edistyy kadonneen esineensä etsinnöissä.

Chikabuma livahtaa varoittamaan Geniä, Toshikoa, Chizua ja Kitsunea Kagehiton suunnitelmasta. Karasu-Tengu suostuu Usagin senseiksi vakuututtuaan tämän kelvollisuudesta.

Usagi liittyy jälleen ryhmään taistelussa lady Fuwaa ja tämän ninjoja vastaan. Kagehito käynnistää raa'an hyökkäyksen Clavisin kytkemiseksi ki-kiveen.

Ki-kivi yrittää sulkea portaalin ja pysäyttää valloittajien hyökkäyksen, mutta siitä puuttuu tärkeä pala. Löytääkö Usagi ystävineen sen ajoissa?