Neon Genesis Evangelion

Enkeli palaa vuonna 2015 ja hyökkää Tokio-3:n kimppuun. Misato Katsuragi kuljettaa Shinjin NERVin tukikohtaan, jota valvoo hänen etäinen isänsä Gendo.

EVA-01:tä ohjannut Shinji herää sairaalassa muistamatta taistelusta mitään. Misato säälii toipilasta ja antaa tämän muuttaa luokseen.

Koulussa huhutaan Shinjin olevan EVA-pilotti, ja hänen luokkakaverinsa Toji närkästyy. Enkeli saapuu paikalle, ja Shinji joutuu taas pilotin paikalle taistelussa.

Shinji on stressaantunut viimeisimmän taistelun jälkeen, joten hän karkaa kotoaan ja tapaa Kensuken. NERV tuo hänet takaisin, ja Misato antaa hänen valita.

Yksikkö 00:n pilotti Rei Ayanami näyttää toipuneen. Hänellä ei kuitenkaan ole ystäviä, muistikuvia menneisyydestään eikä minkäänlaista mielenkiintoa tutustua Shinjiin.

Viides Enkeli porautuu NERViä kohti. Misato johtaa Operaatio Yashimaa, jossa koko Japanin sähkövirta siirretään positroniaseeseen Ramielin kukistamiseksi.

Ritsuko kertoo Shinjille Toisen iskun oikean syyn, jota on pidetty salassa. Hän ja Misato osallistuvat EVAa vastaan kilpailevan mechan kenttäkokeeseen.

Shinji ystävineen lähtee Misaton kanssa tapaamaan EVA-02:ta ja sen kuljettaja Asukaa merelle. Misaton vanha ystävä Ryoji Kaji on kyydissä omine tarkoitusperineen.

Asuka ja Shinji kohtaavat toisen Enkelin, joka pääsee taistelussa niskan päälle. Piloteilla on kuusi päivää aikaa oppia synkronoidut liikkeet tuhotakseen sen täysin.

NERV saa tietää tulivuoren sisällä uinuvasta Enkeli-alkiosta. Asuka määrätään hakemaan se 02:n avulla, ja hän saa tuekseen magmaa varten suunniteltuja laitteita.