Neon Genesis Evangelion

I år 2015 vender en engel tilbage for at angribe Tokyo-3. Misato Katsuragi transporterer Shinji til den Nerv-base, der kontrolleres af hans far, Gendo.

Efter at have været pilot på Eva Enhed 01 vågner Shinji op på hospitalet uden at kunne huske noget om slaget. Misato har ondt af ham og lader ham flytte ind hos sig.

Rygtet om, at Shinji er Eva-piloten, spreder sig på skolen, og hans klassekammerat Toji afskyr ham for det. En engel viser sig, og Shinji må i kamp igen.

Shinji er stresset efter det seneste slag. Han løber hjemmefra og møder Kensuke. Da Nerv bringer ham tilbage, får han et tilbud af Misato.

Enhed 00's pilot Rei Ayanami er tilsyneladende kommet sig, men hun har ingen venner, ingen kendt fortid, og hun er ikke interesseret i at lære Shinji at kende.

Da den 5. engel nærmer sig Nerv, fører Misato an i Operation Yashima: Al Japans kraft vil blive omdirigeret for at gøre det af med Ramiel med et positronvåben.

Ritsuko fortæller Shinji om den hemmelige virkelige årsag til det andet nedslag, og derefter deltager hun og Misato i testen af en mecha, der kan konkurrere med Evaen.

Shinji og hans venner følges med Misato for at møde Eva Enhed 02 og dens pilot Asuka til havs. Misatos gamle ven Ryoji Kaji er også ombord og har sin egen dagsorden.

Asuka og Shinji står over for endnu en engel, men den er for stærk. Nu har de seks dage til at lære synkroniserede bevægelser, så de kan ødelægge den fuldstændigt.

Nerv finder ud af, at der er en engel i fosterform i en vulkan, og med udstyr beregnet til magma bliver Asuka sendt ud for at hente den med Enhed 02.