Ghost in the Shell: SAC_2045

USA i 2045. Majoren og hendes hold, herunder den nyankomne Stan, forsvarer en befæstet by mod kriminelle. Togusa besvarer et opkald.

Raidere angriber Ghost med AI-droner finansieret af en rig velgører. Togusa takker ja til en ny mission fra Japans premierminister, der ønsker fred.

Mens Togusa dykker dybt ned i cyberspace for at finde sine tidligere holdkammerater, bliver gruppen tilbageholdt af en mystisk amerikansk organisation, der vil hyre dem.

Togusa løber en kalkuleret risiko, mens han efterforsker teamets forsvinden og John Smith. Ghost-medlemmerne stiller spørgsmålstegn ved deres missions egentlige formål.

Aramaki forfølger Kusanagi i et kapløb med tiden. Ghost går i gang med deres opgave, men Huges kybernetiske sikkerhedsforanstaltninger tvinger dem til at ændre planer.

Efter Sektion 9 er blevet genforenet, finder Kusanagi og hendes kolleger ud af, at såkaldte post-humane er en hidtil ukendt trussel mod menneskeheden.

Batou, der er tilbage i Japan efter seks års fravær, beslutter sig for at holde en pause, mens han venter på sit forsinkede team. Men amatørbankrøvere forstyrrer freden.

Majoren og Smith bliver uvenner over Sektion 9's nye mission med at jage post-humane. Hun beordrer Togusa til at efterforske en formodet spion tæt på premierministeren.

Sektion 9 får problemer, efter en af de tre post-humane i Japan myrder adskillige politikere og derefter går efter premierministerens svigerfar.

Sektion 9 efterforsker en mulig post-human hacker, der benytter nettet til at anspore til fysiske angreb på folk. Sporene fører til en gymnasieelev.