Neon Genesis Evangelion

En 2015, un Ange revient pour attaquer Tokyo-3. Misato Katsuragi amène Shinji sur la base de la NERV, supervisée par son père distant, Gendo.

Après avoir piloté l'Eva-01, Shinji se réveille à l'hôpital sans aucun souvenir de la bataille. Dans un élan de compassion, Misato lui permet de venir vivre chez elle.

À l'école, la rumeur court comme quoi Shinji est le pilote d'Eva et son camarade de classe, Toji, lui en veut. Un Ange apparaît et Shinji doit retourner au combat.

Ébranlé par sa dernière bataille, Shinji s'enfuit de la maison et rencontre Kensuke. Lorsque la NERV le réintègre, Misato le met face à un choix.

La pilote d'Eva-00, Rei Ayanami, semble être rétablie, mais elle n'a pas d'amis, aucun souvenir de son passé ni intérêt à apprendre à connaître Shinji.

Le 5e Ange se forant un chemin vers la NERV, Misato mène l'opération Yashima : toute l'énergie du Japon sera détournée pour détruire Ramiel avec un canon à positrons.

Ritsuko dévoile la vérité à Shinji au sujet de la cause du Second Impact. Elle et Misato participent à l'essai sur le terrain d'une Eva de compétition ressuscitée.

Shinji et ses amis accompagnent Misato en mer pour rencontrer l'Eva-02 et sa pilote, Asuka. Le vieil ami de Misato, Ryoji Kaji, est à bord – son propre plan en tête.

Asuka et Shinji affrontent un autre Ange, mais celui-ci prend le dessus. Ils ont désormais six jours pour apprendre à synchroniser leurs mouvements et le détruire.

La NERV apprend qu'un Ange de forme embryonnaire sommeille dans un volcan. À l'aide d'un équipement conçu pour résister au magma, Asuka est envoyée pour le récupérer.