Kuromukuro

Yukina, élève de seconde au lycée de Tateyama High, arrive à l'institut de recherche de Kurobe au moment où il est attaqué. En s'enfuyant, elle touche un mystérieux cube.

Tout juste sorti du cube, Kennosuke Tokisada Oma tente de sauver Yukina, mais il perd connaissance. Une géostructure émerge de Toyama Bay.

Kennosuke ressort victorieux, mais l'ennemi parvient à s'échapper. Il se fait capturer à nouveau, mais il parvient à s'enfuir et retrouve Koharu.

Alors que l'oncle de Yukina invite Kennosuke à vivre avec la famille, le monde moderne ne cesse de surprendre ce dernier.

Yukina reprend le chemin de l'école en espérant un retour à la vie normale... Mais elle est horrifiée quand elle aperçoit son nouveau camarade de classe.

Ken et Yukina affrontent de nouveau le crabe mecha. De leur côté, Akagi et Kayahara défient les autorités et se rapprochent de la zone des combats.

Quand le pilote du crabe jaune se donne la mort, Yukina perd toute envie de se battre. À l'école, personne ne sait où sont passés Akagi et Kayahara.

Les revendications des envahisseurs provoquent des heurts et Yukina part pour éviter la bataille. Lancé à sa recherche, Kennosuke réalise vite qu'il ne sait rien d'elle.

Une énorme géostructure ennemie apparaît, mais le centre ne peut y faire face sans Yukina. Ken, Akagi et Kawahara poursuivent les recherches.

Le pilote capturé est ramené au centre de recherche puis interrogé. Il dit être venu trouver un objet particulier. Ken semble le reconnaître.