Neon Genesis Evangelion

In 2015 keert een Engel terug om Tokyo-3 aan te vallen. Misato Katsuragi vervoert Shinji naar een basis die wordt geleid door zijn vader Gendo, van wie hij is vervreemd.

Nadat Shinji de Eva Unit 1 heeft bestuurd, wordt hij wakker in het ziekenhuis zonder zich het gevecht te herinneren. Uit medelijden laat Misato hem bij haar intrekken.

Op school wordt gezegd dat Shinji de Eva-piloot is. Zijn klasgenoot Toji neemt hem dat kwalijk. Er verschijnt een Engel en Shinji gaat weer de strijd aan als piloot.

Shinji is gespannen na zijn laatste gevecht. Hij loopt weg van huis en ontmoet Kensuke. Als Nerv hem terugbrengt, stelt Misato hem voor een keuze.

Rei Ayanami, de piloot van Unit 0, lijkt te zijn hersteld. Maar ze heeft geen vrienden, geen dossiers uit haar verleden en geen interesse om Shinji te leren kennen.

Terwijl de Vijfde Engel naar Nerv boort, leidt Misato Operatie Yashima: alle energie van Japan zal worden gebruikt om Ramiel met een positronengeweer uit te schakelen.

Ritsuko vertelt Shinji over de geheime echte oorzaak van de Tweede Inslag. Daarna gaat ze met Misato naar een test van een mecha-concurrent van een Eva.

Shinji en zijn vrienden vergezellen Misato om Eva Unit 2 en piloot Asuka op zee te ontmoeten. Misato's oude vriend Ryoji Kaji is aan boord met een eigen agenda.

Asuka en Shinji nemen het op tegen een andere Engel, maar die krijgt de overhand. Ze hebben zes dagen om een aanvalspatroon te leren en de Engel volledig te vernietigen.

Nerv hoort over een Engel in een slapende embryonale vorm in een vulkaan. Met behulp van magma-apparatuur wordt Asuka uitgezonden met Unit 2 om de Engel op te halen.