A.I.C.O.

Twee jaar na de mysterieuze Uitbarsting waarbij haar familie omkwam, kan Aiko bijna weer lopen. Maar een nieuwe uitwisselingsstudent zet haar leven op zijn kop.

Kanzaki neemt Aiko mee naar de stad, waar haar vaders oud-collega Kurose haar iets ongelooflijks vertelt: haar hersenen zijn getransplanteerd in een kunstmatig lichaam.

De CAAC sluit Aiko en Yuya op, maar de Duikers helpen hen te ontsnappen. Hoewel de Materie weer actief is, wil de groep Primair Punt proberen te bereiken.

Terwijl de regering een evacuatiebevel uitgeeft, passeert de groep de Poort. Hun eerste doel is de Guillotine-sluiter bij K1, maar de Materie is actief.

De groep bereikt het kamp in het Gebied om uit te rusten en hun voorraad aan te vullen. Nanbara krijgt een lift van Kurose, maar zij en Isazu hebben andere plannen.

Kaedes opschepperigheid vertraagt de tocht naar punt K2, dat ze voor zonsopgang moeten bereiken om Gebied Drie in te kunnen. Isazu vertelt Kurose wat hij heeft gedaan.

Speciale CAAC-troepen onderscheppen de groep in een poging Aiko terug te krijgen. Kurose realiseert zich dat Isazu’s dochter Yuzuha met de Materie verbonden is.

De Duikers gaan de confrontatie aan met Aiko en Kanzaki, maar besluiten de missie voort te zetten. Isazu wordt hoofd van het lab en komt te weten wat nummer één is.

Het team bereikt het onderzoekslaboratorium bij Primair Punt. Isazu krijgt het voor elkaar een videofeed af te tappen om Kanzaki te confronteren met zijn intenties.

Aiko krijgt de kans om met haar andere zelf te praten in de Kwaadaardige Materie. Ondertussen slokt de menselijke Materievorm Yura op, waardoor Yuzuha tevoorschijn komt.